Bioestatística

Uma vez instalado o pacote, ele ainda não estará carregado. Para que as suas funções estejam prontas para serem usadas, é preciso escrever:

​

library(nome-do-pacote)

​

Podemos obter uma lista dos pacotes disponíveis no repositório escolhido digitando:

 

available.packages()

​

Para visualizar melhor:

​

a <- available.packages()
fix(a)

​

Para instalar um pacote, podemos alternativamente escrever:

 

install.packages("nome-do-pacote")

​

Para visualizar os pacotes instalados, podemos digitar:

 

installed.packages()

 

Para uma melhor visualização, podemos usar:

​

a <- installed.packages()

fix(a)

​

A função library() permite o uso de um pacote já instalado.

​

library(nome-do-pacote)

 

Alternativa:

​

require(nome-do-pacote)

 

Para visualizar a versão de um pacote instalado:

​

packageVersion("nome-do-pacote")

​

Para atualizar as versões dos pacotes já instalados:

​

update.packages()

​

Considere os argumentos checkBuilt e  ask:

​

update.packages(checkBuilt=TRUE, ask=FALSE)

​

O argumento checkBuilt=TRUE faz com que um pacote construído em uma versão anterior do R àquela em uso seja considerado desatualizado, e o argumento ask=FALSE faz com que o R não pergunte ao usuário se ele confirma a atualização de um pacote desatualizado.

 

Como um exemplo, vamos instalar o pacote sudoku.

​

install.packages("sudoku")

 

library(sudoku)

 

packageVersion("sudoku")

​

# Descrição do pacote

​

packageDescription("sudoku")
 

Package: sudoku
Version: 2.6
Date: 2014-06-30
Title: Sudoku Puzzle Generator and Solver
Author: David Brahm <brahm@alum.mit.edu> and Greg Snow <Greg.Snow@intermountainmail.org>, with
         contributions from Curt Seeliger <Seeliger.Curt@epamail.epa.gov> and Henrik Bengtsson
         <hb@maths.lth.se>.
Maintainer: David Brahm <brahm@alum.mit.edu>
Suggests: tkrplot
Description: Generates, plays, and solves Sudoku puzzles.  The GUI playSudoku() needs package
         "tkrplot" if you are not on Windows.
License: GPL
Packaged: 2014-06-30 19:41:12 UTC; a215020
NeedsCompilation: no
Repository: CRAN
Date/Publication: 2014-07-01 00:51:36
Built: R 3.4.1; ; 2017-08-16 01:42:25 UTC; windows

-- File: C:/Users/Edson/Documents/R/win-library/3.4/sudoku/Meta/package.rds

 

​

# Para obter uma lista das funções de um pacote

​

lsf.str("package:sudoku")

​

fetchSudokuUK : function (day)  
generateSudoku : function (Nblank = 50, print.it = FALSE)  
hintSudoku : function (z, i, j)  
playSudoku : function (z = NULL, hist.len = 100, solve = TRUE, display = c("guess",
  "windows", "tk"), hscale = 1.25, vscale = 1.25, ...)  
printSudoku : function (z)  
readSudoku : function (fn, map = c(1:9, letters))  
solveSudoku : function (z, verbose = FALSE, map = c(1:9, letters), level = 0, print.it = TRUE)  
writeSudoku : function (z, fn)  

 

# Para obter uma lista dos objetos de um pacote

​

ls("package:sudoku")
 

[1] "fetchSudokuUK"  "generateSudoku" "hintSudoku"     "playSudoku"    
[5] "printSudoku"    "readSudoku"     "solveSudoku"    "writeSudoku" 

​

​

# Como citar o pacote em trabalhos científicos

​

citation("sudoku")

To cite package ‘sudoku’ in publications use:

  David Brahm, Greg Snow, with contributions from Curt Seeliger and Henrik Bengtsson. (2014).
  sudoku: Sudoku Puzzle Generator and Solver. R package version 2.6.
  https://CRAN.R-project.org/package=sudoku

A BibTeX entry for LaTeX users is

  @Manual{,
  title = {sudoku: Sudoku Puzzle Generator and Solver},
  author = {David Brahm and Greg Snow and with contributions from Curt Seeliger and Henrik Bengtsson.},
  year = {2014},
  note = {R package version 2.6},
  url = {https://CRAN.R-project.org/package=sudoku},
  }

ATTENTION: This citation information has been auto-generated from the package DESCRIPTION file
and may need manual editing, see ‘help("citation")’.

 

playSudoku()

​

a <- generateSudoku(Nblank=20, print.it=T)

​

playSudoku(a)

​

 

Funções com o mesmo nome em diferentes pacotes:

 

Caso estejamos utilizando dois pacotes que contêm diferentes funções com o mesmo nome, usamos o símbolo :: para especificarmos o pacote que a função se refere.

 

Por exemplo, considere que estamos usando simultaneamente dois pacotes fictícios, com os nomes pcta e  pctb.

 

Considere uma função fictícia com o nome fnctn().

 

Se nós queremos usar a função fnctn() do pacote pcta, a acessamos escrevendo

 

pcta::fnctn()

 

Se nós queremos usar a função fnctn() do pacote pctb, a acessamos escrevendo

 

pctb::fnctn()

​

Removendo um pacote instalado

 

Para removermos um pacote instalado usamos a função remove.packages().

​

# Removendo o pacote sudoku

​​

remove.packages("sudoku")

 

A função .libPaths() mostra os diretórios em que o R sabe que estão armazenados os arquivos dos pacotes. Portanto, a função

​

remove.packages("nomepacote","diretorio")

​

remove o pacote "nomepacote" do diretório "diretorio". Se o diretório não é especificado, a função remove.packages() remove o pacote do diretório correspondente ao primeiro elemento de .libPaths().

​​

Atualizado a versão do R usando o pacote installr

​​

Para atualizar facilmente a sua versão do R para uma mais atual, instale o pacote installr :

​

install.packages("installr")

​

Utilize então a função updateR()deste pacote:

 

installr::updateR()

 

Deverá abrir uma janela como esta, informando a versão que você está usando e a versão mais atual do programa R: